ナルトとサスケが終末の谷で激突したラストバトル。その後、第四次忍界大戦は終結し、サスケは過去に犯した罪を償うため一度も木ノ葉隠れの里に帰ることなく一人旅を続けている―― そんな折、木ノ葉隠れの里では忍が行方不明になる事件が勃発。六代目火影となったカカシやナルトが危惧する中、今度は謎の忍たちが里を襲撃する。 この贖罪の旅の果てに、サスケが見る未来とは――