《候鸟e人》的故事围绕着一群关注候鸟生态的年轻人展开，描绘了一段始于舄湖湿地的浪漫爱情。其情节恰似不同季节候鸟的飞行轨迹，从七股延伸至关渡，从马祖无人小岛来到时尚现代的台北街头。 小青、邵韩和湘子三人频率相近，本是同伴。然而在讲求唯一性的爱情面前，他们不得不面对得与失的角色转换。鸟人和黑琵在网络中相遇，也在现实生活里产生交集。邵韩和小青在前往七股赏鸟的途中，因擦撞而结识，两人起初剑拔弩张。邵韩的好友小汪同时也爱上了小青。当他们终于在现实世界里相识，爱情与友情的抉择摆在眼前，该如何是好？ 此外，邵韩以为已去世的初恋女友湘子其实还活着，过往的真情、愧疚与责任，新欢与旧爱的挣扎，让他不知所措。至情至性的他，究竟该如何选择？而偷偷爱着小汪的丁丁，痴痴守候着丁丁的小谢，他们之间又会有怎样的故事发展呢？