ルポライター・浅見光彦（沢村一樹）は、雑誌「旅と歴史」が特集することになった万葉集の取材で久々に奈良を訪れた。「箸墓卑弥呼説」と「邪馬台国畿内説」を証明しようと独身を貫き長年、研究・発掘作業を続けていた畝傍（うねび）考古学研究所の顧問・小池拓郎（北村総一朗）が「人は生涯を費やしても贖うことのない罪を犯す」と「人と会う」という言葉を光彦に残したまま帰らぬ人となった。 奈良県警が捜査に乗り出すと、光彦も小池が間借りしていた當麻寺の為保住職（左とん平）の娘で研究所の事務員・有里（清水由紀）と共に事件を追う。小池の部屋に残されていた「おそろしいことだ」というノートへの走り書きと、事件現場で出会った小池の同級生の妹・溝越薫（草笛光子）が持っていた、どこか憎しみすら感じさせる表情の女性が描かれた肖像画。これらが光彦を事件捜査へと誘っていく。 そんな折、小池が長年追い求めていた銅鏡が、小池の後輩・丸岡（佐戸井けん太）の手で発見された。悲しい出来事の直後の、世紀の大発見に研究所の島田いづみ（河合美智子）らが喜んだのもつかの間、新たな殺人事件が起きてしまう。光彦は小池の過去にヒントが隠されているとにらみ、その謎の解明に挑む。