徳川幕府の力が確固たるものとなり、乱世が終わりを迎えようとしている中、徳川家康暗殺を企む真田幸村（神山繁）と猿飛佐助（松方弘樹）の抹消にてこずっていた服部半蔵（千葉真一）は、業を煮やす家康（菅原文太）に引導を渡される。一方、幸村と佐助は薩摩藩と結託し、朝鮮皇妃・明妃を人質に捕らえ、釈放の条件として朝鮮王朝の兵士たちに家康の暗殺を要求という新たな策略を企てる。家康に見放された半蔵が、起死回生のため影の軍団に命じた任務、それは、明妃の救出と幸村の暗殺であった・・・。