艾玛是一个人类小女孩，生活在一个满是大型生物的世界里，没人真正了解她的来历。她踏上了寻找自己出身和归属的旅程。途中，她结识了乐于助人的伙伴，比如笨手笨脚却极具天赋的乌龟牛顿，还有致力于证明艾玛不简单的科学家爱德华·沃尔夫。当他们发现一座由微小人类组成的岛屿，以及一个阴险的阴谋时，他们将怎样携手扭转乾坤呢？