西元2301年，地球遭受多比巴达星人释放的细菌攻击，面临被外星人占领的危机。300年前的两津体内拥有对抗这种细菌的稀有抗体，地球防卫队派遣两津的后代子孙两津实直回到300年前，采集两津身上的抗体。与此同时，多比巴达星人也派出刺客回到300年前，企图阻止抗体被采回。 而在2001年，两津正和大原所长在京都旅行。两津的子孙以及派出所的众人都齐聚京都。他们能否成功拯救未来的地球呢？