村民在河中捞起一具白骨，法医于胜男和康华生查验尸骨，判断是有人用一种特殊方法腐蚀尸体，造成死亡多年的假象。同时上海滩一家有名的饭店经理杜兰离奇失踪。杜兰是黑帮老大顺爷的得力干将。经过多方调查，确证白骨的主人正是杜兰。在调查过程中钟朗敏感到，杜兰很可能和自己当年一样，是一个为了配合警务部扫黑行动的黑帮卧底。 火线追凶2之致命线人警务部高层下令捕房停止杜兰调查。因为杜兰确是他们的卧底探员。但是因为涉及扫黑计划，不愿意打草惊蛇。钟朗出于自身经历，执意要调查杜兰之死的秘密。无意中发现杜兰和他当年卧底时发生过情感纠葛的龙黛琳有过交道。龙黛琳的真实身份是国府调查局的探员。目前正在调查一起假钞运送案。此案涉及颇广，杜兰的老大顺爷也涉嫌负责运送假金圆券。这批数额巨大的假钞进入上海，既扰乱金融市场，又用来购买紧俏战略物资，对中国危害甚大。钟朗与昔日恋人再次相见，并获得了龙黛琳父亲龙四的情报资源。但是龙黛琳遇到了神秘杀手的威胁，两名得力手下被害。钟朗带人救下龙黛琳，逐渐聚焦顺爷的帮会组织安清社。龙黛琳准备陪同年迈的父亲离开江湖，远去香港。钟朗独自赶去送行，遇到顺爷的余党报复，血战后钟朗携龙黛琳逃离。龙黛琳临死前提醒钟朗，假钞案的信息最早就是杜兰转交给她。而杜兰作为卧底探员，本来可以用自己警务部的力量破案，并借此扫除安清社。