U.C.0096年——从新吉恩军与地球联邦军爆发战火的《夏亚的叛乱》过去了3年。被认为一旦公开就可能颠覆地球联邦政府的“拉普拉斯之箱”，维斯塔财团的宗主西亚姆决心进行转让，他让现任当家卡迪阿斯计划与新吉恩残党军“袖章”进行会谈。然而，企图阻止“箱”流出的联邦政府派遣了特殊部队埃克斯和隆德·贝尔队。双方势力的战斗给工业殖民卫星〈工业7号〉带来了惨祸。 危急时刻，少年巴纳吉·林克斯从卡迪阿斯那里得到了成为“拉普拉斯之箱”“钥匙”的机动战士《独角兽》。在与“袖章”的玛丽妲中尉驾驶的《刹帝利》交战后，巴纳吉被隆德·贝尔的强袭登陆舰《娜尔·阿伽玛》俘获。在那艘舰上，和巴纳吉的朋友拓也与美柯特一起，还有为阻止“箱”的转让而……