很久之前，宇宙中被粉碎的恶魔碎片，至今仍在祸乱整个宇宙。一个面目未知的恶徒利用这些恶魔碎片四处为非作歹，还将黑手伸向了光之国。赛罗奥特曼和他的徒弟泽塔奥特曼挺身而出，正面与敌人展开战斗。一番激战后，泽塔奥特曼独自追着怪兽来到了地球。在地球上，人们为应对时常出现的怪兽，组建了防卫军——怪兽应对机甲部队“军械库（storage）”，部队里有个热血青年叫夏川春树。宇宙怪兽抵达地球之时，泽塔奥特曼与春树相遇了，两位热血青年的战斗故事就此拉开帷幕。