故事设定在西元 2220 年，具有移动性的黑洞不断的膨胀而造成了地球的危机，于是进行了 3 亿人的移民大作战。在执行这项计划时的移民船队却遭受攻击，大和号因此展开反击的故事。而此时同作的主角「古代进」已经是 38 岁的舰长，并与「森雪」有了名为「美雪」的女儿。