在若干年后的未来神奇世界，日本高二学生星川隆太是前沿科学技术学科的学员，他把著名科学家爱迪生视为偶像，凭借对科学的执着与热情成为科学技术研究部部长。暑假，隆太与来自不同国家的朋友——英国的帕特里克、巴西的罗菲尔特一同前往美国深造。在美国学习期间，他们遇到了一名神奇女巫师，女巫师告知他们爱迪生曾研究过的“灵界通信机”的设计方程式。隆太与朋友们决定解开“灵界通信机”之谜。回到日本后，隆太的女朋友夏濑夕子加入研究队伍。经过四人不懈努力，“灵界通信机”中传来神奇歌声。经判断解读，他们得知这是偶像爱迪生发出的求救信号，尽管信号不稳定、常中断，但他们持续努力，最终与名叫“神鹰”的古代印加人取得联系，并从神鹰处获得去往灵界的方法。隆太等人决定前往灵界寻找爱迪生，回到过去后，他们见到诸多伟人，了解到很多知识，也经历了不少故事。之后，他们做出去天堂旅行的决定，然而不幸就在此时发生了。