艾玛是一个人类小女孩，生活在一个满是大型生物的世界里，没人真正了解她的身世。她踏上了寻找自己出身与归属的旅程。途中，她结识了热心肠的朋友，像笨笨的天才乌龟牛顿，还有试图证明艾玛不只是表象那么简单的科学家爱德华·沃尔夫。当他们发现一座由微小人类组成的岛屿，以及一个阴险的阴谋时，他们将如何携手拯救大局呢？