故事发生在星元市。市内的狮子尾山上，有一个闪耀着彩色光芒的巨大物体，它被称作“摩诺之角”。16年前，“怪兽之日”事件爆发，此后怪兽灾害逐渐常态化。日本地球防卫队开始采用武力应对怪兽，同时，怪兽防灾科学调查所（SKIP，即怪兽调查与预防中心）为了防止怪兽灾害发生和扩大，持续对各地区进行科学调查。年仅7岁的“优马”在狮子尾山与父母露营时，遭遇了怪兽袭击，以此为契机，开启了他研究怪兽生物学的道路。