柯南和儿童侦探团在班主任小林先生和助教若狭先生的带领下，陪同警视厅白鸟警探参加国际象棋比赛。然​​而，一起弓弩杀人案发生了，在场的警视厅搜查一课主管黑田兵卫感到强烈的似曾相识感，想起了17年前日本传奇国际象棋选手羽田浩二和美国大亨阿曼达·休斯被谋杀的悬案。黑田是第一个发现受害者并领导调查的人，他告诉柯南羽田浩二和阿曼达·休斯之间未解的临终遗言，以及阿曼达·休斯保镖失踪的事件，并试图找到线索。柯南解开与现在相交的“那一天”真相的线索，与此同时，黑衣组织二号人物朗姆也在执着地追捕17年前事件的目击者兼唯一幸存者、阿曼达·休斯的保镖瑞秋·朝香…… 17年前未竟的任务，停滞的时间再次流淌！黑衣组织VS警察VS柯南，时隔17年再次开启的终局之战！