元军攻打日本时，中国大陆的妖怪为获取死者魂魄东渡日本，在那里与犬夜叉的父亲斗牙王展开一番艰苦鏖战，最终被封印在斗牙王的牙齿中。 时光流转至战国时代，四魂之玉的一枚碎片飞到不归之森，唤醒了大陆妖怪首领之子玛瑙丸。为解开被斗牙王牙齿封印的力量，玛瑙丸派随从琉璃、玻璃把犬夜叉一行人引入不归之森，还诱使犬夜叉用铁碎牙斩断结界。结界消失后，被封印上百年的力量复苏，玛瑙丸变得愈发强大。与此同时，玻璃和琉璃分别夺走了珊瑚的云母和法师的风穴，让犬夜叉一方陷入苦战。另一边，戈薇的意识被玛瑙丸控制，她无奈之下用箭再次封印了犬夜叉，随后还被桔梗推入枯井，穿越时空回到了现代。