主角星野铁郎受母亲的影响，希望搭上银河铁道999，到达可以获得免费改造成机械身体权利的安达罗星云，母亲被机械伯爵所杀后，机械伯爵将她制成了标本。后来遇上了机械女王的养女梅蒂尔，给他车票，于是搭上列车，展开旅程，途中经过宇宙中各种不同的星星，发生各种事情。连环画版中的结尾，铁郎向梅戴尔表白自己的喜爱，她婉转的拒绝了并在铁郎回到地球后搭乘999号列车去寻找自己真正的身体。银河轨道：使银河铁道局的列车在宇宙中安全的行驶，实现超空间旅行。战士之枪：故事设定中有四把，分别由松本零士作品内著名人物所持有。持有人分别是梅德尔、宇宙海贼哈洛克、宇宙女海贼艾美拉达丝以及星野铁郎。而铁郎所持有的那把，是宇宙女海贼艾美拉达丝的情人大山多其罗之母送给星野铁郎的，为其子的遗物，在枪柄上刻有“4”的数字。人工太阳：暗闇星被用来消灭吸收光线物质的机械，由居民蕾兰所开发。发射成功后因居民无法接受自己长相，自杀率达99.9%。银河特快776号列车：做为开场的普通列车。在重力之底与铁郎所搭乘的999号列车相撞。超特急999号列车：终点站是传说中可以免费取得机械身体的地方，但是不知为何，回来的人总是寥寥无几，因此也有人称之为「恶魔的列车」。明日之星：和地球非常相似的星球，这里的人不知道银河铁道999号列车的存在。艾尔阿拉敏：与曾在 北非发生战车战的地点同名。战争的对象、目的、时间都不明。此地只残留下 非生物的武器，及具有感测生物功能的自动战车。铁郎跟梅德尔最后用假死状态停止了战车群的攻击，最后由车长平安带回999号列车。乞讨之星(Planet Bagger)：经过此站时需拉上车窗，只因车外有十七亿六千五百万名乞丐。起因是约两百年前的政府贪污导致人民失去生活动力，连带拖垮经济，以致于从上至下均为乞丐。因一名男童以不明方式上车后被梅德尔赶下车，故所有乞丐均知此车内有人，而产生溷乱。离开该星之后，铁郎跟梅德尔被一名乞丐星上的强盗取走财物，并切断列车后在宇宙中飘流。空洞行星巴雷拉：一个凿了许多通往宇宙的空洞星球。因不明原因，星球内部具有反重力（即该星球之引力向量为由外向内）。枯叶之环：巨大植物行星破毁后留下的环状枯叶带。其中也有高度放电性的电蘑菰。“ 好奇心”：外表状似眼球的星球，有两颗卫星。可能是以前人类留下来的高科技智慧体。强迫999号列车停靠，命令车长及主角二人下车并解衣后，铁郎不从更过份的「解剖」梅德尔命令，是以用车长的小刀划开地面。“好奇心”体会到难为情的感觉后自爆。其两颗卫星虽跟上逃离的999号列车，但仍被与列车电脑连线的梅德尔所引诱相撞，形成自然的星球。