1998年10月，卧底假扮业务员长达一个月的刑警青岛俊作（织田裕二饰）回归原本岗位——警视厅湾岸警察署刑事课。本以为能稍作休息，新案件却纷至沓来。一起放火杀人未遂事件引起警方关注，在押解嫌疑人途中，小堇（深津绘里饰）等人因处理另一案件，致使嫌疑人逃脱，小堇因此接受总部调查。青岛为还小堇清白，发誓逮捕犯人。然而此时，青岛与警视庁刑事部捜査一课管理官室井慎次（柳叶敏郎）之间的信赖关系出现裂痕。高层展开跟踪调查，嫌疑犯又下落不明，青岛陷入了前所未有的危机。这是《跳跃的大搜查线》系列电视剧特别篇第3部。