1964年，在美国纽约布朗克斯区的圣尼古拉斯天主学校，修女阿洛伊修斯•贝维尔（梅丽尔•斯特里普 饰）行事雷厉风行、教条严苛，让学生们心生畏惧；而新来的布伦丹•弗林神父（菲利普•塞默•霍夫曼 饰）态度和蔼、处事开明，深受学生们喜爱。在此期间，弗林格外关注学校有史以来的第一位黑人学生唐纳德•米勒（约瑟夫•福斯特 饰）。某天，詹姆斯修女（艾米•亚当斯 饰）向贝维尔修女报告了唐纳德的异常表现。贝维尔认定弗林与这个男孩正在发展不正当关系，她决心不惜一切代价加以制止。然而，事实真相究竟如何呢？