1992年，日本政府在关西的筑波设立了国际哥斯拉对策中心。全球的科技精英汇聚于此，共同研发一种对抗哥斯拉的超级武器——机械哥斯拉。由大前博士带领的考察团抵达亚度诺亚岛后，发现了一枚完好无损的蛋。考察团成员将蛋带回京都时，飞翼龙拿顿突然现身，对考察团发起攻击。与此同时，哥斯拉也在亚度诺亚岛出现，两只怪兽从海上一路激战到了陆上……