欧盟（E.U.）联盟与布里塔利亚帝国之间的长期战争在皇历2010年出现转机，帝国派遣压倒性兵力突袭远东日本。在短时间内，日本这个国家消失，此后以“11区”的名称被载入历史。旧日本民众流亡世界各地，饱受歧视，心中充满愤懑与不甘。2017年，欧盟（E.U.）联军132部队向圣彼得堡推进，却遭到帝国军队围困，面临全军覆没的危险。联军少校蕾拉·玛露卡尔（坂本真绫 配音）组建了由旧日本青年组成的非正规军W Zero部队，并提议用这支部队营救132部队。然而在最为凶险的前线，他们不过是肩负着牺牲自我以营救友军的悲哀使命。惨烈对决之后，W Zero部队的中尉日向瑛斗（入野自由 配音）成功完成任务。 但战争远未结束，新的阴谋与危机逐渐浮现……