电影着重展现了古生代神奇宝贝、也是第五世代的最后一只神奇宝贝盖诺赛克特以及超梦。主要讲述了小智一行人和超梦阻止盖诺赛克特在纽特市进行破坏，最终两路人马冰释前嫌的故事。