在正在旅行的小智一行人面前，突然出现了一个笼罩着白烟的庞然大物，它从天而降落在小智等人的面前——原来是梦幻宝可梦波尔尼凯恩。在远离人烟的尼贝尔高原上，与被人类伤害过的宝可梦们共同生活的波尔凯尼恩，实际上非常讨厌人类。但从天而降的冲击使一道神奇的锁链将小智与它粘在一起，无法分开。奇妙的故事就从这里开始，小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险。 　　另一方面，在拥有不停转动的巨大齿轮的超级机关城市——阿佐特王国里，大臣贾维斯得到了他长年所追求的终极发明。那就是500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦——玛机雅娜，据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”的未知力量。贾维斯企图利用这股力量来统治王国，而波尔凯尼恩就是来夺回被抢走的玛机雅娜。究竟被绑在一起的小智和波尔凯尼恩，能不能够合力救出玛机雅娜，隐藏于“魂心”中的真正力量是什么？就是现在，精灵宝可梦史上最炽热的战斗即将开始，一起拭目以待吧！