原本是从遥远宇宙彼方K隆星来侵略地球的KERORO小队，在剧场版里反倒将地球从可怕危机中拯救了出来。这一次，KERORO军曹面前出现了最新、最恶、最强的敌人！ 故事中，冬树和KERORO小队前往印加帝国的马丘比丘遗迹参观。喜爱神秘事物的冬树十分开心，可KERORO满脑子都是侵略地球的事。他们在那里迷路后发现了遗迹，又因突发状况不得不逃离。就在那时，冬树瞬间看到了一位伫立在迷途中的少女。带着对少女的不解之谜，冬树和KERORO回到了东京。然而此时，最强敌人出现了。它模样和KERORO一样，但与KERORO不同的是，它是企图迅速且彻底地策划侵略地球的黑暗KERORO。它带领部下CIBABA、DORURU、MIRURU在世界各国展开了侵略行动。而迎击这一切的是KERORO小队……