「 超能力开发研究所」突然遭到无数不明生命体的攻击，研究所已经完全被破坏殆尽。混乱中，原本在研究所中被实验的超能力者 小雷（10岁）与 纱绫香（12岁）趁隙逃了出来。数月之后，不明生命体的攻击再度出现，这次的目标竟然是 纱绫香， 翔一闻讯之后立即变身为 假面骑士亚极陀，与 G3-X一同前住救援。突然间， G4出现了，他的出现让众人非常惊讶。因为在两个月前， G4的蓝图被盗，它的力量强大，但是穿戴它的人往往受不了而致命，到底是谁偷走 G4后又制造它？不明生命体的攻击到底来自何方？ 假面骑士亚极陀， G3-X， G4与 不明生命体之间的战争即将开打！！