在不久的未来，世界已被智脑公司统治。世界上多数人类被智脑公司变成怪人“俄尔以诺”，仅2433名人类残存，他们组成反抗军，以女主角园田真理为核心，躲在角落艰难求生。假面骑士555是人类救世主，其变身者乾巧在智脑公司的总攻中战败，目前生死未知。智脑公司为对付余下的假面骑士凯撒，开发出最强假面骑士腰带“帝王腰带”。面对借帝王腰带变身的强大邪恶假面骑士，反抗军无力抗衡。人类真的要就此灭绝吗？心灰意冷的园田真理在空无一人的舞会上独自落泪，此时她背后出现一个白衣男子，真理从他身上隐约看到乾巧的影子。没错，他就是失忆的乾巧。巧和真理的命运在这孤独世界将走向何处？人类的救世主传说就此开启！