在相信魔女存在的东方某国，想成为魔女的女孩，13岁时必须独自到一个陌生的城镇生活一年。按照这个规定，13岁的琪琪 （ 小芝风花 饰）告别爸爸 （ 筒井道隆 饰）和妈妈 （ 宫泽理惠 饰），带着黑猫吉吉离开了故乡。琪琪看中了伫立在大海中央的港口城市克里克。在这里，她获得了经营面包店的索娜阿姨 （ 尾野真千子 饰）的喜爱，索娜招待她住在自家。琪琪除了骑扫把飞翔以外什么都不会，所以她发挥自己唯一的特长，创办了“魔女宅女便”，开始与热爱飞行的少年蜻蜓 （ 广田亮平 饰）等克里克居民共同生活。然而，一句谣言令她成为众人敬而远之的对象，伤心的琪琪突然丧失了飞行的能力。就在这时，动物园的园长拜托琪琪运送生病的河马去看医生 。