故事设定在距离现在稍远的未来，太阳系被未知敌人盯上，土星和火星相继被建造了神秘设施。在判定地球也面临危险后，超级大型企业“克洛诺斯财团（KHRONOS）”代替国家，为守护地球召集了全世界英雄的子孙，以打倒宇宙外生命体为目标，建立了克洛诺斯学园。为对抗敌人强大的科学力量，英雄的后代们穿上“GEAR”战斗服装，与特殊生体兵器融合成“KHRONOS GEAR”投入战斗。“坂本龙马”“宫本武藏”“拿破仑”“圣女贞德”等历史英雄的后代，齐聚于这所学园！