时代位于距现在稍远的未来。太阳系被未知的敌人盯上，土星和火星接连被建造了迷之设施。而在判断出地球也处于危险境地之后，超级巨大企业“克洛诺斯财团（KHRONOS）”代替国家为守护地球而召集全世界英雄的子孙，以打倒宇宙外生命体为目的而建立了克洛诺斯学园。为对抗敌人压倒性的科学力量，英雄的后代们身着“GEAR”的战斗服装与特殊生体兵器融合的“KHRONOS GEAR”投身战斗。「坂本龙马」「宫本武藏」「拿破仑」「圣女贞德」等历史的英雄们的后代，集结于这个学园！