• 尼奥的英文是Neo，而在剧中他常被称作“救世主”，英文是One，而Neo打乱字母顺序后就是One。
• 尼奥所在的公司叫Metacortex，词根是meta-，意为“超过、超越”，以及-cortex，意为“脑皮层”。因此，Metacortex的意思是“超越大脑边缘”，而这正是尼奥要做的。
• 在希腊神话中，墨菲斯这个名字的意义是睡梦之神，讽刺的是，在该片中墨菲斯的使命却是唤醒梦中的人回到现实。
• 在影片的前45分钟，尼奥（基努·里维斯）有80句台词，其中44句是问句，差不多每分钟一个问题。
• 矩阵中的场景都被染成了绿色，就好像从电脑屏幕里看这些场景一样。真实世界中的场景都是正常的颜色。而尼奥和墨菲斯格斗的场景既非矩阵也非现实，被染成了黄色。
• Switch这个角色本来是由两人扮演，在矩阵中由男演员扮演，在现实中由女演员扮演（Switch有“转换”之意）。后来华纳改变了主意，把这个角色的性别在两种情况下都设定为女。
• 尼奥首次来到真实世界的戏中，他的服装故意被弄得很破旧、很不合身，以暗示托马斯·安德森不太适应这个真实世界。
• 墨菲斯的飞船叫Nebuchadnezzar，指《圣经》但以理书中的巴比伦国王尼布甲尼撒二世。在但以理书2:1-49中，他做了一个想不起来的梦，但他一直寻求答案。
• 当该片首次发行时，沃卓斯基姐弟在一次网络采访中透露，如果他们是尼奥，他们会选择蓝色药丸。（注：蓝色是回到矩阵，红色是进入现实，尼奥选择了红色）
• 为了拍摄直升机的镜头，影片险些被停拍，因为片中直升机飞越了悉尼上空的禁飞区，为了让影片继续拍摄，新南威尔士在法律中进行了相应调整。
• 《黑客帝国》系列开场曲的音调一部比一部高，第一部是E调，第二部是F调，第三部是升F调。
• 尼奥第一次被崔妮蒂带上轿车时，开关称他为“coppertop”，俚语意为金霸王电池，就是墨菲斯解释人类如何变成能源时向尼奥展示的那种电池。
• 开场的电话追踪程序上的日戳显示为“98年2月18日”，片尾的日戳为99年9月18日，表明影片中的时间过了19个月。
• 电脑屏幕上的字形由翻转的字母、数字和日文片假名字符组成。
• 雨果·维文为特工史密斯配音的灵感部分源于导演沃卓斯基姐弟的深沉声音。