由于意魔人偷偷潜入，失控列车失控。桃太洛斯下车找良太郎帮忙，与此同时，爱理身边也出现了可疑的身影。为了拯救持续暴走的时空列车和成为意魔人目标的爱理，侑斗协同良太郎一起追查真相，全力面对一个又一个危机。假面骑士零神，为了爱而战吧！