在很久很久以前，还没有神奇宝贝球的时代，在欧德鲁朗城里，展开了一场神奇宝贝大战，勇者亚朗和他的神奇宝贝路卡利欧，使用波导努力的阻止这场大战，最后战争终于平息，人们也称亚朗为波导的勇者。 而在几百年之后，小智一行人来到这座城里，参加了赞颂勇者亚朗而举行的神奇宝贝对战和热闹庆典，在对战比赛之中，小智和皮卡丘赢得了最后的胜利，亦获得在祭典时拿着勇者之杖，并化身为勇者的权利！然而，封印在勇者之杖中的神奇宝贝-路卡利欧，在此时苏醒，并且对众人说出“亚朗将他封印后弃城逃走”的话；另一方面，，住在世界初始之树的梦幻，因为想要有人陪伴，所以径行带走了皮卡丘和喵喵，小智为了寻找皮卡丘，在路卡利欧的带领之下，往世界初始之树的方向出发。 在这座神秘的初始之树底下就竟隐藏了什么样的谜团？而勇者亚朗真的抛下路卡利欧弃城逃走了吗？小智能顺利找回皮卡丘吗？路途中会有什么样的阻碍在等着他们呢？而隐藏在路卡利欧的过去与“波导传说”的详情又是什么？