来自真新镇的小智（松本莉香 配音），目标是成为神奇宝贝顶级训练师。在开启训练师旅程的那天，他因迟到没能拿到初始小精灵。大木博士（石冢运昇 配音）见此情形，送给他一只不愿进精灵球且十分调皮的皮卡丘。随后，小智和皮卡丘踏上了精灵宝可梦之旅。 旅途中，他们之间的隔阂慢慢消除，还结识了同行伙伴诚子（佐藤刊里 配音）与宗次（本乡奏多 配音），并听闻了有关凤王的传说：“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士……” 本部剧场版是《神奇宝贝》动画系列的第二十部电影，其剧情改编自系列动画第一集《神奇宝贝！就决定是你了！》，讲述了小智与皮卡丘开启成为宝可梦大师的冒险之旅的故事。