明治时代，日本在文明开化的浪潮中迅速西化，步入了前所未有的改革阶段。那些无法适应这一变化以及对新政府心怀不满的人，因此触犯了律法。而关押这些罪犯的地方，正是坐落在日本最大湖泊——琵琶湖湖心的巨树监狱。故事围绕着担任摆渡人、世代供奉大蛇的阴天神社三兄弟展开，现实与未解之谜相互交织，一场潇洒奢华的故事就此拉开帷幕。