明治时代，日本因文明开化而迅速西化，进入了前所未有的改革阶段。一些无法适应这种变化以及对新政府心怀不满的人触犯了法律。他们被关押在位于日本最大湖泊琵琶湖湖心的巨树监狱。故事围绕着身为摆渡人、世代供奉大蛇的阴天神社三兄弟展开，现实与未解之谜相互交织，一场潇洒奢华的故事就此拉开帷幕。