公元2015年，处于魔术尚存的最后时代。人理继续保障机关「Chaldea」通过近未来观测镜「Sheba」，突然发现人类将在2016年走向毁灭。为解析并干涉异象和时空特异点，他们运用被统称为「Grand Order」的禁忌仪式，将术师灵子化后送回过去，旨在阻止人类历史中断。 在被扭曲的冬木圣杯战争中，Saber（阿尔托莉雅·潘德拉贡）黑化，杀光了除Caster之外的所有从者，还毁灭了整个冬木，之后在大空洞等待Caster到来。此次战争的Caster是库·丘林，他称若自己职阶为Lancer就能秒杀黑Saber。因主角、玛修和奥尔嘉玛丽的介入，这场疯狂的圣杯战争得以停止，但Saber和Caster双双消失，意味着无人获得圣杯。关卡最后，消灭了奥尔嘉玛丽灵魂的雷夫以及此次战争的Saber都知晓「Grand Order」，这究竟是怎么回事……