在一列从东京开往大阪的特快列车上，有一位尊贵特殊的客人，她是来自欧洲英格拉姆帝国的女王莎莉贝丝，还带着年幼的儿子菲利浦王子。女王拥有欧洲最大的宝石“水晶之母”，这吸引了怪盗基德的目光。为防止基德得逞，女王身边安排了大批保镖和警力。日本警方总代表是中森警官，他的女儿青子以及基德真身快斗也在这列火车上。 随着预定时间临近，快斗始终没找到宝石真正的藏匿处。与此同时，国际宝石大盗杰卡尔和罗丝也跟踪而来，他们打算在基德得手时趁机抢夺。同在火车上的柯南从伪装成乘务员的罗丝身上发现了可疑之处。一场围绕宝石的攻防战就此拉开帷幕……