高中生结城理（石田彰 饰）自幼父母离世，过去十年一直寄住在郊外的亲戚家。这一日，他回到儿时居住的地方，并转学进入当地的私立月光馆学园高中部。某一天，结城意外遭到神秘怪物的攻击。传说在一天与另一天之间，隐藏着鲜为人知的“影子时间”，而怪物正是栖息在影子时间里的Shadow。因遭受攻击，结城体内能够与Shadow对抗的Persona能力突然觉醒。此后，他被介绍加入了由众多拥有Persona能力者组成的特别课外活动部。这群怀揣着不同想法的年轻人持续追寻着影子时间的真相，然而等待他们的却是难以想象的残酷命运。