在漫长的战斗中，亮太以及担任指南役的小助的牺牲，给佐助所率领的『闇の軍団』带来了沉重打击。就在这时，众人原以为被敌人抓捕杀害的柊，掌握了敌人的藏身之处后回来了。佐助从柊口中听到了曾经在死斗后理应已被自己杀死的幻幽斎的名字，不禁感到一阵战栗。与此同时，才蔵遇到了儿时玩伴卍，而此前他听闻卍已遇害。才蔵满心疑惑，卍却留下一句“下次见面便是你我厮杀之时”后消失不见。天下统一的背后，忍者们的战斗卷入了亲人、兄弟和儿时好友，朝着悲惨的结局发展。这或许就是命运吧？佐助率领的闇の軍団，将如何投身这场战斗呢……