小林芳狼身为少年侦探团初代团长小林少年的曾孙，10年前就已行踪不明的怪人二十面相突然出现在他面前。二十面相留下“约定的时间近了”这句话后便离去，这所谓的约定究竟有何含义？四处奔走的芳狼、明智小五郎的曾孙小夜及其青梅竹马等性格各异的成员们纷纷聚集，各种谜团相互交织，唯有解开谜团，“少年侦探团”才有望复活。