这是电视动画《新干线变形机器人 辛卡利翁》的剧场版，描绘了成为乘坐能变形为机器人“辛卡利翁”的现实新干线（如“E5系隼”“N700A希望号”等）的驾驶员的孩子们，与大人们携手对抗敌人的情景。在剧中，为开发下一代新干线而打造的试验车辆“ALFA - X”以辛卡利翁的形态登场，和新驾驶员一同投入战斗。新敌人纳哈内将目标对准地球，“辛卡利翁团队”的隼人等人再度投身战斗。然而，在纳哈内的袭击下，隼人的父亲北斗下落不明。满心忧虑的隼人面前，时空穿越而来的9岁北斗现身。穿越时空的少年北斗为守护地球并回到原本的时间，决心成为集结最新技术打造而成的“辛卡利翁ALFA - X”的驾驶员。少年北斗一角由声优钉宫理惠配音，纳哈内一角……