故事设定在不久的将来，宝可梦对战已被法律禁止，只能被迫转移到地下进行，形式类似于斗狗。犯罪组织火箭队威胁了小霞和大木博士，迫使小智输掉一场比赛。小智照做之后又改变了主意，随后他与火箭队之间爆发了一场全面的宝可梦大战。