居住在真新镇的少年小智，迎来了能取得宝可梦训练家资格的10岁生日清晨。对从未谋面的宝可梦和未曾涉足的世界满怀憧憬的小智，本打算前往大木研究所领取将成为自己伙伴的宝可梦，然而他却睡过了头。等他赶到时，只剩下一只不亲近人类的皮卡丘。“你是不是很讨厌我？但我可很喜欢你哦！”尽管他们之间曾有过摩擦，却也渐渐建立起了友谊。在外出旅行的那天，小智和皮卡丘目睹传说中的宝可梦凤王在天空中翱翔，还捡到了凤王落下的虹色之羽，并立下了“总有一天，我们会一同去见它！”的誓言。于是，小智为了成为世界第一的宝可梦大师，和皮卡丘一同踏上了旅程。途中，他们结识了训练家诚子与宗次，还听闻了有关凤王的传说——“受到虹色之羽的指引，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士”。在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦玛夏多的引领下，小智一行人朝着凤王栖息的天青山进发，此时，一名强敌突然出现。小智与皮卡丘能否见到凤王呢？为了实现启程那天许下的誓言，此刻，他们即将开启成为“真正的伙伴”的冒险之旅。