魔术师（主人）和英灵（从者）围绕万能的愿望机“圣杯”展开的“圣杯战争”。间桐樱和自己犯下的罪一起沉溺于黑暗中，发誓要保护她的卫宫士郎与远阪凛共同战斗，为了结束圣杯战争投身于严酷的战斗中。另一方面，伊莉亚斯菲尔・冯・阿因兹贝伦作为知道斗争真相的人直面命运，间桐臓砚利用樱花来实现自己的夙愿。