魔术师〈御主〉与英灵〈从者〉，为了争夺能够实现所有愿望的许愿机「圣杯」进而发动战争。就在「圣杯战争」发生后10年，战火在冬木市再度点燃。继承上次「圣杯战争」参加者卫宫切嗣的遗志，他的养子—卫宫士郎决心参与这场战斗。士郎的身边有个十分仰慕他，名叫间桐樱的少女。她早晚都会出现在卫宫家，为士郎料理早餐和晚餐。她和孤苦无依的士郎一直过著平静的生活。然而，当「圣杯战争」发动时，冬木市的氛围就变了。到处传出发生凶杀案的消息，全镇笼罩在一股不安的气氛中，于是士郎决定让樱留宿在自己家里。士郎与他召唤出来的从者—Saber，和魔术师远坂凛缔结了同盟，共同面对「圣杯战争」。然而，有人却在暗中进行诡计，让这场战争开始失序，渐渐脱离轨道……