复讐之地，东京。即将被暗之鲜血染红201X年，冬。在浮岛地区，因为七原文人的实验使得小夜遭到信任的亲友背叛，失去了一切的小夜为了对文人进行复仇而前往东京。然而当时东京正受到文人和其所属秘密组织塔的完全支配，文人更借由在浮岛所获得的数据，开始在暗地里进行某种实验。来到东京的小夜，在地下铁中搭救了被「古物」袭击的少女柊真奈，原来真奈是网路反抗组织萨拉特的一员，他们为了揭发塔的阴谋而暗中活动著，由于利害关系一致，小夜决定与萨拉特联手向文人发出挑战。某天，他们得到文人即将在私立十字学园进行演讲的消息，于是小夜和真奈潜入了十字学园，准备伺机和文人一决胜负，不料这其实又是文人所设下的圈套，到底小夜和真奈能否从文人手中夺回真正属于自己的自由呢？现在，最后的战斗即将展开…。