在一场将整座城市燃烧殆尽的大灾害中，年幼的卫宫士郎失去了一切，后来被一名自称是魔术师的人物所收养。十年后，士郎继承养父遗志，为了让自己成为「正义使者」而每天努力锻炼魔术，但由于他欠缺才能，所以自始至终只学会一种魔术。某日，士郎因故卷入一个被称为「圣杯战争」的魔术师之间的战斗，并偶然与其中一位Servant（从者）「Saber」订下契约，被迫当上了主人(Master)。当他得知十年前的那场大灾害也是因圣杯战争而引发后，为了不让悲剧重演，士郎决定主动投入这场战争……。