在第二次新吉翁战争，也就是“逆袭的夏亚”结束后，地球圈迎来了短暂和平。3年后的宇宙世纪0096年，在工业殖民地“工业7号”上进行着一场秘密交涉。与地球联邦政府有秘密协议、并借此发展起来的“毕斯特财团”，打算把过去用来威胁联邦的最高机密“拉普拉斯之盒”交给新吉翁的残党军“带袖的”。与此同时，在阿纳海姆工业专科学校就读的少年巴纳吉·林克斯，邂逅了自称奥黛丽·伯恩的少女。奥黛丽为阻止新战争爆发，必须阻止“拉普拉斯之盒”的交易。巴纳吉多次帮助奥黛丽后，渐渐被她吸引。之后，地球联邦察觉到这起交易并军事介入，工业殖民地瞬间沦为火海。一场围绕“拉普拉斯之盒”的战争就此打响，这段历史被称作拉普拉斯之乱。拉普拉斯之盒里藏着足以颠覆地球联邦的终极秘密，也是毕斯特财团的发家根源。