遭受残酷拷问的“ボトムズ”搭乘者キリコ・キュービィー，抓住警备的空隙，成功从メルキア军基地逃脱。然而，目睹了最高机密“素体”的キリコ，注定要被他曾经所属的メルキア军持续追捕。 漂泊到ウド之街的キリコ，与ゴウト、バニラ、ココナ等人相遇，逐渐找回了人性之心。在与支配ウド的治安警察以及让自己命运错乱的秘密结社不断苦斗的过程中，キリコ与曾经在小惑星リド见到的素体再次相逢。但本应作为完美士兵“パーフェクトソルジャー”诞生的素体心中，却萌生出了作为一名女性对キリコ的爱意…… 由高橋良輔监督大胆重构，再加上拍摄了立体模型的实拍版开场，将电视系列第1章的精彩看点浓缩于此！