从クメン脱出后，キリコ和フィアナ乘坐的シャトル被不明人员收容进了无人的戦艦Ｘ。在戦艦Ｘ内部短暂休息时，レッドショルダーマーチ的声音响起。这让キリコ直面自己的过去，精神逐渐陷入病态。 不久后，戦艦Ｘ在惑星サンサ紧急降落，イプシロン率领的AT部队随之逼近。キリコ和フィアナ通过引爆戦艦Ｘ得以逃脱，并与ゴウト等人重逢，一同前往再生武器商人的据点暂避。然而，イプシロン队和バララント軍发起攻击，キリコ不得不与ゴウト等人分开。 为了确保ヂヂリウム的获取，キリコ背着フィアナ前往バララント軍留下的补给基地，穿越荒野。而对キリコ怀有恩仇之念的ゾフィー则在后面紧追不舍。 此次还值得关注谷口守泰绘制的新片头曲画面以及塩山紀生绘制的新片尾曲画面。