在纽约市的下水道里，四只小海龟和一只小老鼠因接触含放射性物质的凝胶而变异成巨大的人化生物。脾气暴躁冲动却满怀激情的拉斐尔（乔什·帕斯 饰）、幽默风趣的米开朗基罗（迈克林·西提 饰）、个性沉稳的多纳泰罗（雷夫·提勒顿 饰）以及身为领导者的达芬奇（大卫·福尔曼 饰），这四只武艺高强的忍者龟肩负起了为纽约市除暴安良的神圣使命。他们英勇无敌、战无不胜，在多次行侠仗义后，与城市里的一个神秘组织结下仇怨。神秘组织发起一次突袭，忍者龟因寡不敌众受了重伤，与此同时，他们的老师也被这个神秘组织抓走。