在《剧场版物怪：唐伞》的激烈对决结束后不久，卖药郎（神谷浩史配音）再度现身，此次他来到了大奥的内庭。此前事件发生后，这里正处于一场动荡之中。出身名门的女子大友牡丹（户松遥配音）取代歌山成为新任总管，她开始推行一种严谨且平衡的领导模式。这种高压政策使得她与曾获天皇（入野自由配音）宠幸的资深花魁富贵（日笠阳子配音）之间的关系愈发紧张，两人的矛盾不断加深。天皇的妻子有希子皇后（种崎敦美配音）所生的皇子即将挑选监护人，一场意外却彻底改变了富贵的命运。她产下了一个被视作“不祥之子”的婴儿，被年长重臣大友（堀内贤雄配音）当作威胁，进而成为一场权谋阴谋的牺牲品。在男权体制构建的权力网络里，利益冲突和掩盖真相的行为迅速失控。与此同时，奇怪的事件接连不断，人们无缘无故自燃，瞬间化为灰烬。卖药郎怀疑是物怪在作祟，于是展开调查。然而，他所面对的，是一种神秘且不断变化的群体性……